Фамилия Млькова — редкий случай, когда написание почти полностью скрывает исходное слово. Ошибкой было бы искать корень «мльк» — такого слова в русском языке нет. Перед нами результат исторической редукции гласных, когда безударный звук «е» или «о» просто исчез на письме. Скорее всего, исходная форма — Мелькова или Молькова, где основа — «мельк» (от «мелькать», «мельком»). Фамилию могли дать человеку с быстрым, ускользающим взглядом или тому, кто постоянно был на виду, но неуловим — «мелькал» в толпе.

Суффикс -ов- типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ или мирских имён. В этом случае Мльков — притяжательное прилагательное, отвечавшее на вопрос «чей?»: сын Мелька (Молька). Само прозвище Мелько (или Молько) могло закрепиться за вертким, подвижным человеком, которого трудно поймать или запомнить. Учитывая, что фамилия встречается крайне редко, можно предположить её локальное бытование — возможно, в северных говорах, где редукция гласных была особенно сильной, или в среде, где письменная фиксация имени была неточной.

Вторая, менее вероятная версия — связь с диалектным «мелька» в значении «мелкая рыба» или «мелочь». Тогда прозвище могло относиться к невысокому человеку или к тому, кто промышлял ловлей мелкой рыбы. Но это лишь догадка: словари русских говоров не фиксируют такого значения с уверенностью. В любом случае, фамилия Млькова — пример того, как живая речь спрессовала слово, оставив нам загадку в виде четырёх букв.