Фамилия Млынник образована от аналогичного нарицательного, которое восходит к украинскому слову «млин», что в переводе на русский язык означает «мельница». Очевидно, прозвище Млынник относится к так называемым «профессиональным» именованиям, указывающим на род деятельности человека. Можно предположить, что основатель рода Млынник был мельником.