Фамилия Мнышенко — яркий пример украинской модели фамилий, образованных при помощи патронимического суффикса -енко. Этот суффикс, характерный для восточных и центральных областей Украины, буквально означает «маленький» или «сын» (как русское -ович/-евич). Таким образом, Мнышенко — это «сын Мныша» или «потомок человека по прозвищу Мныш».

Ключ к пониманию фамилии — в основе Мныш-. Это неканоническое личное имя или прозвище, которое, скорее всего, восходит к глаголу «мнуть» (мять). Вероятнее всего, прозвище Мныш давали человеку, который мял лен или пеньку — распространенное занятие в крестьянском быту, требовавшее определенной сноровки. Мяли лен вручную, специальными мялками, и прозвище могло закрепиться за мастером этого дела. Менее вероятная, но возможная версия — прозвище дали по характерному жесту или привычке (например, что-то постоянно мять в руках).

В украинской ономастике есть параллельные фамилии: Мнишенко, Мныш, Мних. Интересно, что вариант Мних (от «монах») тоже мог бы дать форму Мнышенко, но фонетически это менее вероятно: «мних» дает «Мнишенко», а не «Мнышенко». Твердое «ы» в корне (Мныш) как раз указывает на восточноукраинские говоры, где звук «и» переходит в «ы», и на связь с конкретным действием — мять.

Географически фамилия тяготеет к Полтавщине и Сумщине, где были сильны традиции льноводства и где суффикс -енко доминировал в фамилиях простых крестьян и казаков. Никакого дворянского происхождения у этой фамилии нет — это типичная фамилия ремесленника или земледельца, чей предок получил прозвище по делу, которое он делал каждый день.