Фамилия Модудин — редкий случай, когда основа настолько затемнена, что даже опытный этимолог остановится. Первое, что бросается в глаза: окончание -ин указывает на принадлежность «чей?» — сын Модуда. Но что такое «Модуд»?

Здесь нет очевидного тюркского или славянского корня, который лежал бы на поверхности. Вероятнее всего, перед нами вариант арабского имени Махмуд (в значении «достойный похвалы, хвалимый»), прошедший через долгий путь фонетических изменений. В тюркских языках, особенно в татарской и башкирской среде, имя Махмуд нередко редуцировалось до форм вроде Мамут, Мавлют и, при определённом диалектном произношении, могло дать Мауд или Модуд. Усечение первого слога и замена гласных — обычное дело в живой речи, когда имя осваивается в крестьянской среде.

Менее вероятна, но теоретически возможна связь с диалектным прозвищем. В некоторых говорах «модой» называли медлительного, вялого человека. Тогда Модуд — уменьшительная форма такого прозвища, а Модудин — его отчество. Однако эта версия слабее: прозвище «Модой» крайне редкое и не зафиксировано в известных словарях русских прозвищ, в отличие от обилия арабских имён в Поволжье.

География фамилии тоже подсказывает ответ. Основная масса носителей Модудиных сосредоточена в Татарстане и соседних регионах — Башкортостане, Оренбургской области. Среди татар и башкир фамилии на -ин от арабских имён — не редкость (сравните: Хайруллин → Хайрулин, Габдуллин → Габдулин). Таким образом, Модудин — классическая русская по форме (суффикс -ин) фамилия, но по происхождению восходящая к мусульманскому имени. Предки носителя этой фамилии, скорее всего, были крещёными татарами или башкирами, либо же фамилия возникла в среде русского населения, жившего в тесном соседстве с тюрками и перенявшего имя.

Словообразовательная модель проста: в основе лежит краткая форма имени Модуд (из Махмуд), к которой добавили притяжательный суффикс -ин. Это типичная «отчество в застывшей форме», которая перестала склоняться как прилагательное и превратилась в фамилию. Никаких дополнительных суффиксов, вроде -ов или -ский, здесь нет, что говорит о сравнительно позднем оформлении фамилии (не раньше XVII–XVIII века), когда модель с -ин уже была самой распространённой для имён, оканчивающихся на согласный.