Фамилия Мадудин — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от фамилий на -ов/-ев, образованных от имён и прозвищ, здесь мы видим суффикс -ин, который в русской модели обычно указывает на принадлежность: «чей?» — Мадудин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Мадуда.

Самая вероятная версия связывает основу с крестильным именем Матфей (в бытовой русской форме Матвей, Матута, Мадута). В диалектах имя Матвей могло звучать как Мадута, а уменьшительная форма — Мадудя. Имя Матфей означает «дар Яхве» (Божий дар), что для фамилии уже несущественно, но указывает на то, что предок носителя фамилии был крещён в православии. Фамилия Мадудин тогда означает «потомок Мадуды» (Матвея).

Есть и альтернативная, более редкая версия. В некоторых говорах слово «мадуда» или «мадудить» могло означать человека медлительного, вялого, «мающегося». Это прозвище по характеру, которое тоже могло закрепиться в фамилии. Однако эта гипотеза слабее, так как не подкреплена устойчивой диалектной фиксацией и встречается реже, чем антропонимическая связь с именем.

Географически фамилия Мадудин тяготеет к южнорусским областям, в частности к Воронежской и Ростовской землям, а также встречается у украинцев. Это косвенно подтверждает первую версию: форма Мадута/Мадуда характерна для южнорусского и украинского произношения имени Матвей.

Таким образом, скорее всего, первые носители фамилии Мадудин — это потомки человека, которого в быту звали Мадуда, то есть Матвей. Фамилия не дворянская, а крестьянская или мещанская, возникшая в среде простых людей в XVI–XVII веках, когда фамилии на -ин активно закреплялись за крестьянами и посадскими.