Фамилия Мадудина — женская форма, а мужская — Мадудин. Её основа — прозвище или нецерковное имя Мадуда, которое в русских говорах могло означать «медлительный, вялый человек». Слово «мадуда» (или «мадудить» — мешкать, копаться) фиксируется в диалектах северо-запада и центра России. Человек, которого так называли, мог получить прозвище за неспешный нрав или привычку делать всё с ленцой.

Суффикс -ин — один из самых распространённых в русских фамилиях, он указывает на принадлежность: Мадудин буквально значит «сын Мадуды». Такая модель образования типична для прозвищ и имён, оканчивающихся на -а, -я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто образовывались от имён на твёрдый согласный, -инные фамилии чаще встречаются в северных и центральных областях России.

Интересная деталь: в некоторых говорах слово «мадуда» имело и другое значение — «плохой работник, разиня». Это делает прозвище не столько обидным, сколько бытовым и точным. В крестьянской среде прозвища по характеру и поведению давали очень часто — они не обязательно несли негативный оттенок, а скорее служили опознавательным знаком.

Встречается фамилия Мадудин (и Мадудина) преимущественно в Вологодской, Архангельской и Кировской областях — именно там диалектная лексика лучше всего сохранила слово «мадуда». В других регионах она редка, что подтверждает её локальное происхождение.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Мадуров, Мадуев, — то Мадудина стоит особняком: она образована не от тюркского или финно-угорского корня (как можно было бы подумать по звучанию), а от чисто русского диалектного слова. Это редкий случай, когда фамилия с «нерусским» звучанием имеет славянскую основу.