Фамилия Модулин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от очевидных «профессиональных» фамилий вроде Кузнецова или Плотникова, здесь мы имеем дело с прозвищем, которое может относиться как к внешности, так и к поведению человека.

Скорее всего, в основе лежит слово «модуля» или «модуль». В русских говорах «модулей» могли называть привередливого, капризного человека — того, кто «модулюет», то есть ломается, жеманится или ведёт себя неестественно. В этом случае фамилия Модулин — отчество от прозвища Модуля. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Модули». Такая модель типична для фамилий, образованных от слов с окончанием на -а/-я (ср. Пушкин, Ильин, Репин).

Есть и вторая, более прозаичная версия. В некоторых регионах «модулей» называли человека, который «модит» — то есть медлит, копается, делает что-то с излишней тщательностью. Тогда прозвище могло закрепиться за неспешным, дотошным крестьянином или ремесленником. Оба значения — и «капризный», и «медлительный» — укладываются в логику народной характеристики, когда одно слово покрывало целый спектр оттенков поведения.

С точки зрения географии, фамилия Модулин встречается крайне редко и не имеет выраженного «гнезда» в одном регионе. Это говорит о том, что она возникла не в среде массового фамильного творчества (как, скажем, фамилии на -ов/-ев в центральной России), а, вероятно, в среде старообрядцев или в отдалённых северных и сибирских деревнях, где прозвища закреплялись за одним-двумя родами.

Любопытно, что фамилия не имеет отношения к современному математическому термину «модуль». В старом русском языке это слово не использовалось в научном смысле, а бытовало именно в народной речи как диалектное обозначение прихоти или странности. Так что предки Модулиных, скорее всего, были людьми с характером — либо неторопливыми мастерами, либо теми, кого в деревне считали «с причудами».