Фамилия Могольницкий образована по модели, характерной для польской и западнорусской шляхты: основа плюс суффикс -ицк-/-ицкий. Такие фамилии указывали на место, откуда происходил род, или на владение землёй. В русском языке суффикс -цк- (в написании -цкий) тоже встречается, но форма с -ицкий чаще выдаёт польское или белорусское происхождение.

Корень «Могольн-» сразу вызывает вопрос: что это — географическое название или прозвище? Самая прямая версия — топонимическая. На карте Польши и Западной Беларуси есть несколько мест с похожими названиями: Могольница, Могольники, Могольно. Если предки владели или жили в таком месте, их называли «Могольницкие» — то есть «те, кто из Могольницы». Подобный способ образования фамилий — один из самых распространённых в польской ономастике (сравните: Замойский от Замостье, Острожский от Острог).

Менее очевидная, но возможная версия — от прозвища «Моголь» или «Могольник». В диалектах польского языка «mogol» могло означать что-то громоздкое, большое, неуклюжее, либо относиться к человеку с восточной внешностью (от названия монгольских завоевателей — моголов). В таком случае прозвище дали по внешности или поведению, а потом к нему прирос суффикс -ицкий, превратив прозвище в фамилию — «сын или потомок Моголя». Однако эта версия слабее: прозвища с корнем «могол» встречаются реже, чем названия деревень, и для шляхетской фамилии топонимическая основа типичнее.

Фамилия Могольницкий — редкая. В дореволюционных метрических книгах и списках дворянства она встречается в основном в Гродненской и Виленской губерниях, что подтверждает её западнорусские (белорусские) корни. Носители фамилии, скорее всего, принадлежали к мелкой шляхте или однодворцам — сословию, которое держалось за своё шляхетское происхождение, но часто жило небогато. Написание могло варьироваться: Могольницкий, Могольницкий, реже Могольницкий. Ударение, судя по польской модели, падает на второй слог: Могольницкий.

Если подвести итог: фамилия Могольницкий — это указание на географическое происхождение, вероятнее всего, от названия деревни Могольница в Беларуси или Польше. Её носители — потомки местной шляхты или зажиточных крестьян, получивших фамилию по месту жительства.