Фамилия Моисейенко — яркий пример украинской модели образования фамилий от библейских имён. В основе лежит каноническое мужское имя Моисей, которое пришло в русскую и украинскую традицию из древнееврейского через греческий язык. В оригинале имя, вероятно, означало «взятый из воды» или «спасённый из воды» — прямая отсылка к библейскому сюжету о корзине с младенцем, найденной в Ниле.

Ключевая особенность фамилии — суффикс -енко. В украинской ономастике этот суффикс в XVI–XVII веках стал главным маркером «сыновства»: Моисейенко буквально означало «сын Моисея» или «потомок Моисея». В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, где акцент падал на отчество-притяжательность, украинские формы на -енко были более универсальными и встречались у всех слоёв населения — от казаков до крестьян. Поэтому Моисейенко мог получить как сын человека по имени Моисей, так и, реже, внук или правнук, если прозвище закрепилось за родом.

Географически фамилия плотно привязана к центральным и восточным регионам Украины. В XIX веке она была особенно распространена в Полтавской, Харьковской и Черниговской губерниях. В России встречается реже, обычно как следствие переселений в XIX–XX веках. Форма с двумя «е» — Моисейенко, а не Моисеенко — указывает на полное звучание имени в основе, что характерно для южных говоров, где избегали стяжения гласных.

Существует и более редкая версия происхождения, которую ономасты иногда обсуждают: фамилия могла возникнуть не напрямую от имени Моисей, а от производного прозвища Моисейка. В таком случае суффикс -енко присоединялся уже к уменьшительной форме, и значение становилось более бытовым — «сын Моисейки». Однако эта гипотеза менее вероятна: фамилии от полных имён в украинской традиции встречаются чаще, чем от уменьшительных, особенно если речь о библейских именах, которые в народе не сокращали до фамильярности.

С точки зрения сословной истории, носители фамилии Моисейенко в основном относились к казачеству или крестьянству. В реестрах Запорожского войска и в метрических книгах XVIII–XIX веков эта фамилия нередко фиксировалась у реестровых казаков, что подтверждает её украинское происхождение и отсутствие дворянского оттенка. Никаких следов перехода в аристократические круги у неё нет — это «народная» фамилия, сохранившая прямую связь с именем своего первого носителя.