Фамилия Моисейков отвечает на вопрос «чей ты будешь?» и означает «сын Моисейки». В её основе лежит не полное церковное имя Моисей, а его просторечная, обиходная форма — Моисейка. Именно так в быту, в кругу семьи и соседей, называли человека, носившего это ветхозаветное имя. Суффикс -к- в данном случае придавал имени уменьшительно-ласкательный или, точнее, обиходно-фамильярный оттенок, а фамильный суффикс -ов, добавленный к этой основе, закрепил за потомками значение «сын Моисейки» или «внук Моисейки».

Само имя Моисей, от которого пошла вся эта словообразовательная цепочка, имеет древнюю и неоднозначную историю. Восходит оно к древнеегипетскому корню и, по самой распространённой версии, означает «дитя» или «сын». В библейском тексте закреплено и народное толкование — «вынутый из воды», что напрямую связано с сюжетом о спасении младенца Моисея из Нила. На Руси это имя было хорошо известно благодаря Библии, но в крестьянской и посадской среде его часто переделывали на свой лад, отсюда и появились такие формы, как Моисейка, Моска, Мосей.

Модель образования фамилии через суффикс -ов от имени с уменьшительным суффиксом -к- — одна из самых распространённых в русской ономастике. Таким же образом появились Ивашковы (от Ивашка), Петьковы (от Петька) и Гришковы (от Гришка). Однако у фамилии Моисейков есть своя особенность: она сохранила в основе именно полную, хоть и просторечную, форму имени, а не его усечённый вариант. Это говорит о том, что предок носителя фамилии был заметным человеком в своей общине, и его имя не сокращали до короткого «Мосей», а использовали более полное и уважительное обращение.

Стоит отметить, что фамилия эта довольно редкая. Она не получила массового распространения по всей России, а бытует в основном в центральных и северных регионах страны, где были сильны традиции старообрядчества, часто сохранявшие архаичные формы имён. Встречаются и родственные фамилии, образованные от тех же корней, но другими суффиксами: Моисейкин, Моисеев, Мосейкин. Все они — ветви одного генеалогического древа, ведущего начало от человека по имени Моисейка.