Фамилия Мохнухин — редкий случай, когда суффикс сразу подсказывает, где искать корни. Формант -ихин — вариант патронимического суффикса -ин, но с характерной севернорусской или сибирской огласовкой. В говорах Архангельской, Вологодской, Вятской губерний и в Поморье фамилии на -ихин, -ыхин встречаются гораздо чаще, чем в центральной России. Мохнухин — это буквально «чей?» — сын Мохнухи. А Мохнуха — прозвище, образованное от глагола «мохнуть» (мокнуть, покрываться мхом, плесенью) или напрямую от слова «мох».

Самая прямая версия: прозвище Мохнуха дали неопрятному, небрежному человеку, который ходил в грязной, заношенной одежде. В северных деревнях, где сырость и болота — обычное дело, «замшелым» могли назвать и того, кто постоянно мочил ноги, не сушил портянки, жил в нетопленой избе. Однако есть и более нейтральный вариант: в архангельских говорах «мохнуха» — это размокшая корка хлеба, разбухшая от воды каша или любой размякший ком. Так могли прозвать любителя разварной еды или медлительного, вялого человека, который «размокает» на ходу.

Словообразовательная цепочка проста: мох → мохнуть (глагол со значением «становиться мокрым, покрываться мхом») → Мохнуха (прозвище по действию или признаку) → Мохнухин (сын Мохнухи). Суффикс -ух- в прозвищах (как в Ветруха, Грязнуха, Болтуха) придаёт экспрессивный, часто слегка пренебрежительный оттенок. Фамилия не могла возникнуть в дворянской или купеческой среде — это стопроцентный вариант крестьянского или посадского прозвища, закрепившегося в документах.

Стоит отдельно сказать, что никакой связи с тюркскими или финно-угорскими корнями здесь нет, хотя на Севере и в Приуралье русские фамилии нередко впитывали иноязычные основы. Мохнухин — чисто русская модель, построенная на общеславянском корне *mъch-. Поиск по архивам показывает, что основная масса носителей фамилии до революции жила в Вятской губернии (современные Кировская область и Удмуртия) и в Пермском крае. Встречаются также Мохнухины в старых списках жителей Архангельской губернии.

Если ваши предки — Мохнухины, скорее всего, они были государственными или помещичьими крестьянами из северных лесных районов. Прозвище давали по внешнему виду или по характеру: либо неряха, либо тихоня-«размока». В любом случае фамилия не несёт негативного оттенка — в крестьянской среде такие прозвища были обычным делом и не считались оскорбительными.