Фамилия Мокону — редкий случай в русской ономастике. Она не вписывается в привычные модели на -ов, -ин или -ский, а её основа не даёт однозначной славянской этимологии. Скорее всего, перед нами фамилия, принесённая в русскую среду извне, и её разбор требует выхода за пределы восточнославянского ареала.

Наиболее вероятная версия связывает Мокону с тюркскими или кавказскими языками. В ряде тюркских наречий «мокон» или «мокун» означает «кроткий», «смирный», «ручной» (о животном). Прозвище Мокона могли дать человеку спокойного нрава или, в ироничном ключе, — наоборот, строптивому. В осетинском языке есть слово «мæкуы» — «слабый», «хилый», что также могло стать основой для прозвища. Суффикс -у в конце слова — характерный признак тюркских и иранских заимствований в русских фамилиях, где он часто выступает как финаль исходного имени (ср. фамилии Абаку, Баку, Куку).

Менее правдоподобна версия о связи с греческим «макариос» (блаженный) через искажённое «макон». Для этого перехода нет фонетических оснований, а фамилия не встречается в греческих диаспорах России.

География фамилии Мокону крайне узкая. Основные носители зафиксированы на Северном Кавказе, в Кабардино-Балкарии и Карачаево-Черкесии, а также среди черкесской диаспоры в Турции. Это подтверждает версию о кавказском или тюркском корне. В центральных областях России фамилия единична, что говорит о её локальном происхождении.

Особенность фамилии — её окончание. В русском языке фамилии на -у обычно не склоняются (Мокону, Мокону, о Мокону), что типично для заимствованных основ, сохраняющих форму исходного слова. Если бы фамилия была славянской, она, скорее всего, получила бы суффикс -ов (Моконов) или -ин (Моконин), но этого не произошло.

Таким образом, фамилия Мокону — вероятный след межэтнических контактов на Кавказе. Предки носителей этой фамилии могли быть осетинами, балкарцами или черкесами, а сама фамилия восходит к прозвищу, описывающему характер или внешность.