Фамилия Молидор — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию практически без изменений, минуя типичные русские суффиксы -ов или -ин. Сама основа «молидор» не имеет славянских корней и звучит как искусственное или заимствованное слово. Скорее всего, перед нами прозвище, данное человеку по его манере поведения или по случаю из жизни.

Наиболее правдоподобная версия отсылает к французскому слову «mouille d’or» — «золотая смазка» или «золотой увлажнитель». В XVIII–XIX веках, в эпоху увлечения всем французским в дворянской и купеческой среде, такое прозвище мог получить либо бонвиван, любитель роскоши и красивых жестов, либо, напротив, насмешливый ярлык для человека, который казался себе слишком блестящим и «золотым». В русском языке слово «молидор» встречается и в другом значении — как название старинной монеты (от португальского «моида дор» — «золотая монета»). Так могли прозвать богатого купца, менялу или человека, который любил пересчитывать деньги.

Встречается и другая, менее вероятная гипотеза: от искажённого немецкого «Mühldorfer» — указание на выходца из баварского города Мюльдорф-ам-Инн. Но тогда фамилия скорее приняла бы форму Мюльдорфер или Мюльдорфский. «Молидор» в этом ряду выглядит как народная переделка, «обрусевший» вариант, который мог появиться у переселенцев из немецких колоний.

Поскольку суффикс отсутствует, фамилия сохранила форму прозвища. Это указывает на позднее оформление или на то, что носитель был человеком незнатного происхождения — крестьянином или мещанином, чью фамилию записывали буквально со слов, не переделывая на дворянский манер. Географически фамилия Молидор встречается в основном на юге России и в Поволжье, где было сильно влияние немецких колонистов и где любили необычные «заморские» прозвища.