Фамилия Молитор — редкий для России случай, когда прозвище перешло в наследственное имя почти без изменений, сохранив латинскую основу. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на -ов, -ин или -ский, Молитор не имеет типичных фамильных суффиксов, а значит, либо появилась в среде, где фамилии складывались по западноевропейской модели, либо была искусственно закреплена за носителем в официальных документах (например, в семинарской среде).

Корень слова восходит к латинскому molitor — «мельник». В Средние века и в эпоху Возрождения это слово широко использовалось в Западной Европе как профессиональное прозвище. В России же фамилия Молитор могла появиться несколькими путями. Первый и самый вероятный — через немецкое или польское посредничество: среди переселенцев-колонистов (особенно в Поволжье и Причерноморье) или выходцев из Речи Посполитой было немало носителей фамилии Молитор, которую просто транслитерировали кириллицей. Второй путь — искусственное образование в духовных училищах и семинариях, где будущим священникам нередко давали «благозвучные» фамилии на латинский манер. Молитор в таком случае — калька с русской фамилии Мельников или её украинского аналога Млинар, только переведённая на латынь. Семинаристы могли получить её за то, что происходили из семьи мельника, или просто как «учёное» прозвище.

Словообразовательная модель здесь проста: основа молит- (от лат. molitor) и нулевое окончание. Фамилия склоняется по образцу существительных мужского рода (Молитора, Молитору). В русском языке она не имеет внутренней флексии, поэтому её этимологию неспециалист не угадает — отсюда и ощущение «иностранности», которое она несёт.

Географически фамилия Молитор встречается точечно. В дореволюционных метрических книгах и исповедных ведомостях её можно найти среди немецких колонистов Саратовской и Самарской губерний, а также в западнорусских губерниях, где было сильное польское влияние. В советское время фамилия практически не распространилась — слишком редкая и нехарактерная для массовой паспортизации 1930-х годов, когда многие «неудобные» фамилии меняли на более привычные.

Сравнение с однокоренными фамилиями показательно. В русском языке есть фамилия Молотов (от «молот») — но это другой корень, хотя звучание похоже. А вот Молитвин (от «молитва») — тоже ложный параллель. Единственная реальная родственная линия — через латинское molitor к фамилиям Молитор, Молиторов, Молиторский (последняя — уже явно семинарского происхождения, с суффиксом -ский). В украинском языке встречается вариант Молітор, в польском — Molitor, что подтверждает западное происхождение основы.

Таким образом, фамилия Молитор — не русская по происхождению, а пришлая, профессиональная, с чёткой семантикой «мельник». Носитель такой фамилии, скорее всего, потомок либо немецкого колониста-мельника, либо выпускника духовной семинарии, получившего латинизированное прозвище. В обоих случаях фамилия — редкий документ, сохранивший в себе прямую отсылку к занятию предка без типичных русских суффиксов.