Фамилия Моликова — женская форма, а её мужской вариант — Моликов. В основе фамилии лежит личное имя или прозвище Молик. Это уменьшительная форма от крестильного имени Молис (в православных святцах — Молис, от греческого «молис» — «с трудом, едва»). Имя было редким, и фамилия от него — штучная, не массовая.

По другой версии, более бытовой, прозвище Молик могли дать человеку, связанному с молотьбой или мукомольным делом. В русских говорах существовало слово «молить» — «молоть, дробить, толочь» (сравните с украинским «молоти»). В таком случае Молик — это либо мельник, либо работник на току. Суффикс -ик указывает на лицо по действию или профессии, как в фамилиях Мельник, Гончарик. Версия с прозвищем кажется более правдоподобной, потому что редкое крестильное имя Молис почти не оставило следов в русском ономастиконе, а прозвищная основа «мол-» (от молотьбы) встречается в фамилиях Молотков, Молчанов (другая этимология), Молодцов — и даёт живую, понятную картину.

Фамилия Моликова (Моликов) — относительно редкая. Она встречается в Поволжье (особенно в Татарстане и Башкирии) и в южных областях России. Это может быть связано с тем, что в тюркских языках есть слово «мол» (скот, имущество) и суффикс -ик, но для русской фамилии тюркский след маловероятен: фамилия образована по чисто русской модели с суффиксом -ов/-ев, а не по тюркской. Скорее всего, носители фамилии — потомки крестьян-землепашцев, чей предок был занят на обмолоте зерна или держал мельницу.