Фамилия Молния — редкий случай, когда прозвище перешло в наследственное имя почти без изменений, минуя стандартные суффиксы. В русской традиции подавляющее большинство фамилий образуется с помощью -ов, -ев, -ин, -ский. Здесь же мы видим чистую основу, что сразу указывает на относительно позднее происхождение — скорее всего, не раньше XVIII–XIX веков, когда фамилии начали давать непривилегированным сословиям, и нередко записывали прозвище как есть.

Корень прозрачен: «молния» — атмосферное явление, но в народной речи слово имело и переносные смыслы. Молнией могли прозвать человека стремительного, быстрого в движениях или решениях, вспыльчивого, с резким характером. В говорах «молонья» — не только разряд, но и блеск, сверкание, что добавляет версию о прозвище за яркую внешность или особую примету — например, седую прядь или шрам.

География фамилии неширокая, и это важная деталь. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках Молнии встречаются в основном в южнорусских губерниях — Курской, Воронежской, Харьковской, а также на Дону. Там слово «молния» звучало как «молонья», и фамилия могла писаться через «о» — Молонья или Молоньин. Такая региональная привязка говорит о том, что фамилия не выдумана семинаристами (которые любили давать «громкие» фамилии вроде Громов или Молниев), а возникла из живого народного прозвища.

Встречается и вариант Молниев — более типичная модель с суффиксом -ев. Но форма Молния интереснее: она сохранила архаичную черту — прямое использование прозвища в именительном падеже. В современной русской антропонимике такие фамилии не склоняются по падежам у женщин, а у мужчин склоняются как существительные, что создает путаницу в документах. Если ваш предок носил фамилию Молния, он, скорее всего, был крестьянином или казаком, получившим прозвище за характер или внешность, и фамилию ему записали со слов, не переделывая на «благородный» лад.