Фамилия Молодниченко — характерный пример украинской фамилии, образованной по модели, которая в XIX веке стала массовой в Левобережной и Степной Украине. Её основа — прозвище или мирское имя Молодник, а суффикс «-енко» указывает на происхождение: «сын Молодника» или «потомок Молодника». В украинской ономастике формант «-енко» — самый распространённый патронимический суффикс, который в XVII–XVIII веках закрепился за казацкой старшиной и мещанством, а позже стал фамильным для целых сёл.

Корень «молод-» прозрачен: он восходит к прилагательному «молодой». Однако прозвище Молодник могло иметь разные оттенки значения. Чаще всего так называли молодого человека, парня, неженатого мужчину — в отличие от «старого» или «женатого» в общине. В некоторых говорах «молодник» означало также «молодой лес» или «поросль», но вряд ли это стало основой для личного прозвища. Более вероятно, что Молодником прозвали либо самого юного в семье, либо человека, который выглядел моложе своих лет, либо того, кто занимал подчинённое положение при старших.

Географически фамилия Молодниченко тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Полтавщине, Черкащине, Киевщине, Харьковщине. В метрических книгах XIX века она встречается преимущественно среди крестьян и казаков. Интересно, что в России фамилия редка и почти всегда указывает на украинские корни предков: в переписях конца XIX века Молодниченко записаны в основном в южных губерниях, куда переселялись малороссы.

В отличие от фамилий на «-ов» или «-ин», которые в России часто привязывали к месту или роду занятий, Молодниченко сохраняет прямую связь с личной характеристикой человека. Никаких сложных профессиональных или топонимических версий здесь нет — фамилия говорит о том, что предок носителя был «молодником», то есть молодым или неженатым. Такие прозвища давали в быту, и они нередко закреплялись за целым родом, даже когда первоначальный Молодник давно состарился.