Фамилия Молтусов образована от прозвища или нецерковного имени Молтус. Разбор суффикса здесь прост и показателен: -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть Молтусов — сын Молтуса. Такая модель — одна из самых распространённых в русских фамилиях, и она прямо говорит, что в основе лежало личное именование, а не географическое название или профессия.

Корень «молт-» — тёмный и неочевидный. Самая правдоподобная версия связывает его с диалектным или устаревшим словом «молтус» в значении «молотильщик» или «тот, кто молотит». В южнорусских говорах, в частности на Дону и Кубани, «молотить» могли произносить как «молтусить», а самого работника называть «молтус». Предок носителя фамилии мог быть крестьянином, занятым на обмолоте зерна — тяжёлой сезонной работе, которая требовала силы и выносливости. Это объяснение лежит на поверхности и не требует привлечения экзотических заимствований.

Менее вероятна, но не исключена связь с тюркскими языками, где корень «молт» мог означать «смелый», «отчаянный». Однако для фамилии, бытующей преимущественно в русскоязычной среде, такая версия выглядит натяжкой: нет ни исторических, ни географических подтверждений массового проникновения этого корня в русский антропонимикон. Если бы основа была иноязычной, фамилия чаще встречалась бы в Поволжье или на южном Урале, но Молтусовы — фамилия, характерная скорее для центральных и южных областей России, где преобладала земледельческая культура.

Особенность фамилии — в её редкости и прозрачной словообразовательной структуре. Она не перешла в разряд «княжеских» или «дворянских» (суффикс -ский здесь не использован), а осталась в крестьянской среде. Сравните с однокоренными, но более распространёнными Молотков или Молотилов — Молтусов стоит особняком, сохранив архаичную форму прозвища, не стёртую позднейшими книжными исправлениями. В документах XVII–XVIII веков подобные именования фиксировались в переписных книгах как личные прозвища, и лишь к XIX веку закрепились как наследственные фамилии.

Таким образом, Молтусов — фамилия-профессия, рождённая в крестьянском быту, где каждое прозвище имело практический смысл. Её носитель, скорее всего, потомок человека, который молотил хлеб, и это занятие дало ему имя, пережившее века.