Фамилия Мылтусов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа и суффикс указывают на то, что перед нами, скорее всего, русская фамилия, образованная от прозвища или мирского имени, но вот с корнем всё сложнее.

Слово «мылтус» не встречается ни в современных, ни в древнерусских словарях. Первое, что приходит на ум — связь с глаголом «мыть» и существительным «мыло». Однако словообразовательная цепочка «мыло — мылтус» нестандартна для русского языка. Суффикс -тус- нетипичен для славянских прозвищ; он скорее напоминает заимствованные или искусственные формы. Возможно, что «Мылтус» — это искажённое, переосмысленное на русской почве тюркское или финно-угорское имя. В языках народов Поволжья и Урала (например, в коми, марийском, татарском) встречаются основы «мыл», «мылт» со значениями «песок», «мелкий камень», «глина» или «мыло» в хозяйственном смысле. Если так, то прозвище Мылтус могло относиться к человеку, работавшему с глиной или песком — гончару, строителю, либо к тому, кто жил на песчаной почве.

Вторая версия, более прозаичная: фамилия могла возникнуть в результате искажения редкого церковного имени или фамилии на -ус. Например, греческое имя Милтий (Miltiades) в просторечии могло превратиться в «Мылтус» через звуковое упрощение. Подобные переходы — «Милтий» → «Мылтус» — встречаются в северных и сибирских говорах, где гласные редуцируются, а окончания меняются под влиянием местного произношения.

Третья, самая простая гипотеза — прозвище от глагола «мылить» в значении «обманывать, хитрить» (ср. «намылить голову»). Тогда Мылтус — это хитрец, плут. Форма на -тус могла появиться как шутливое, «учёное» прозвище, по аналогии с латинскими окончаниями (ср. фамилии Титус, Матус). Такие искусственные образования были в ходу среди семинаристов и приказных людей в XVII–XVIII веках.

Суффикс -ов в фамилии Мылтусов указывает на принадлежность: «чей?» — сын Мылтуса. Это типичная русская патронимическая модель, закрепившаяся в качестве фамилии. Географически фамилия встречается крайне редко, в основном в записях по Сибири и Уралу — что косвенно подтверждает версию о заимствованном или диалектном корне. Сословная принадлежность первых носителей, скорее всего, крестьянская или посадская: фамилии на -ов у дворян обычно образовывались от полных христианских имён, а не от тёмных прозвищ.