Фамилия Моноченко — редкий случай, где основа почти наверняка не славянская, а пришла из греческого языка через церковную или учёную среду. Суффикс -енко указывает на украинское или южнорусское происхождение: так в XVI–XVII веках оформляли фамилии по отцу или по прозвищу (буквально «сын Моноча»). Но что такое «Моноч»? Скорее всего, это не имя, а переделанная форма греческого слова «монах» (μοναχός) — человека, живущего в уединении и посвятившего себя служению. В украинских говорах «монах» могло звучать как «монах» или «монох», а уменьшительно-пренебрежительная форма «Моноч» дала основу для фамилии. Таким образом, Моноченко — это «сын монаха» или «потомок того, кого прозвали Моночем». Прозвище могли дать либо действительно бывшему монаху, ушедшему в мирскую жизнь, либо человеку, который вёл аскетичный образ жизни, либо тому, кто работал при монастыре — служке, сторожу или писарю.

Вторая версия, менее вероятная, связывает основу с тюркским словом «мон» (болезнь, страдание) или «моно» (одинокий). Но для украинской фамилии с суффиксом -енко греческий корень выглядит убедительнее: на землях современной Украины, особенно в Киеве и Чернигове, греческие монахи и книжники оставили заметный след в ономастике. Фамилия Моноченко встречается крайне редко, её носители в основном сосредоточены в центральных и южных областях Украины, а также в приграничных районах России. В дореволюционных списках она не фигурирует среди дворянских или купеческих родов — это фамилия крестьянская или казачья, что подтверждает её «прозвищное» происхождение. Похожие по модели фамилии — Моначенко, Монахов, Моносов — имеют ту же корневую основу, но Моноченко выделяется именно суффиксальным оформлением, характерным для украинской антропонимии XVII–XVIII веков.