Фамилия Морченко — украинская по модели образования, что сразу видно по суффиксу -енко. В украинской ономастике этот суффикс в XVI–XVIII веках выполнял роль отчества или указания на принадлежность: Морченко — сын или потомок человека по прозвищу Морок, Морко, Морч. Основа фамилии тёмная, и здесь возможны два основных варианта, причём один из них почти наверняка ложный.

Первое, что приходит на ум — связь с украинским «морок» (туман, сумрак, обман) или «морочити» (обманывать, вводить в заблуждение). В этом случае Морченко — потомок того, кого прозвали Мороком за скрытность, хитрость или нелюдимость. Однако у этой версии слабое место: в украинских говорах слово «морок» активно, но прозвища от него встречаются редко. Чаще в основе лежит что-то бытовое.

Куда правдоподобнее версия, отсылающая к ремеслу или занятию. В южнорусских и украинских диалектах «морок» или «моркота» — это не только туман, но и разновидность рыболовной снасти (морда, верша). Прозвище Морок мог получить рыбак, плевший такие снасти, или человек, промышлявший рыбой. Суффикс -ченко в таком случае указывает на потомка рыбака. Эта версия согласуется с тем, что фамилия Морченко распространена в Сумской, Полтавской и Черкасской областях — регионах с развитым речным рыболовством.

Есть и третий, совсем редкий вариант: от имени Морко — уменьшительной формы крестильного имени Мор (от Марк или Мавр). Но это маловероятно, так как имя Морко не фиксируется в святцах и встречается лишь в единичных записях.

В написании фамилии нет вариантов — только Морченко, с буквой «о» в первом слоге. Ошибочное сближение с «морковь» (от «морква») — народная этимология, без исторической основы. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» фамилия Морченко не упоминается, но её модель (основа + -енко) типична для украинского ономастикона XVII–XIX веков. Сословно носители фамилии, скорее всего, были из казаков или крестьян, поскольку фамилии на -енко в малороссийских губерниях закреплялись именно за этими слоями.