Фамилия Мордовченко образована по распространенной в украинских и южнорусских землях модели отчества с суффиксом -енко. Буквальное значение — «сын Мордовка», то есть потомок человека, носившего прозвище Мордовко. Такая модель складывалась в XVI–XVII веках и закреплялась за семьей как наследственное имя.

Прозвище Мордовко восходит к названию древнего племени мордва — угро-финской народности, которая издавна обитала в бассейнах рек Мокши и Суры, а также в междуречье Волги и Белой. Исходя из этого, можно предположить, что основатель фамилии был мордвином по национальности либо жил в краях, населенных мордвой, за что и получил такое прозвище. Соседи нередко давали человеку имя по этнической принадлежности, и со временем оно приживалось как семейное.

Мордва делилась на две большие группы — эрзю и мокшу. Обе группы участвовали в драматических событиях русской истории: эрзяне активно поддерживали восстание Степана Разина, а позже и мокшане, и эрзяне поднимались вместе с Емельяном Пугачевым. Эти факты показывают, что регион расселения мордвы был не глухой окраиной, а зоной активных социальных движений, и прозвища, подобные Мордовко, могли закрепляться за людьми разного происхождения — как за самими мордвинами, так и за русскими, жившими по соседству.

Позже прозвище Мордовко, изначально присоединенное к наследственному имени, полностью заменило его и в повседневной жизни, и в официальных документах. Так и возникла фамилия Мордовченко — как указание на прямого потомка человека по прозвищу Мордовко. Суффикс -енко в этом случае работает как притяжательный: он отвечает на вопрос «чей сын?», и именно эта форма закрепилась в документах.

Интересно, что фамилия не получила распространения в мордовских селах — там преобладают фамилии на -ов и -кин. Мордовченко встречается чаще в украинских и южнорусских губерниях, куда переселялись выходцы из поволжских и окских земель. Это косвенно подтверждает версию о прозвище, данном переселенцу или торговому человеку, а не о прямом этническом происхождении носителя.