Фамилия Мордовченкова — женская форма фамилии Мордовченков, и её разбор стоит начать не с привычного корня «морд-», а с суффиксального элемента. В фамилии два суффикса подряд: сначала -ов- (указывает на принадлежность), а затем -енк-, который в русских фамилиях встречается реже, чем в украинских, но всё же бытует в южнорусских и пограничных регионах. Суффикс -енк- в русском языке обычно означает «маленький», «сын» или «потомок» (как в украинских фамилиях на -енко), но здесь он стоит перед -ов-, что делает форму двойной: Мордовченков — буквально «сын Мордовца» или «потомок того, кто связан с Мордовой».

Основа «Мордов-» восходит к этнониму «мордва» — названию финно-угорского народа. В древнерусских документах и переписных книгах слово «мордвин» или «мордовец» использовали не только для обозначения национальности, но и как прозвище: так могли назвать человека, который жил среди мордвы, торговал с ней, перенял обычаи или просто был похож на мордвина внешне или по поведению. В XVI–XVII веках на южных и восточных границах Московского государства такие прозвища были обычны — они фиксировали соседство с нерусскими народами.

По модели образования фамилия Мордовченков — типичный пример «вторичной» фамилии, когда к основе уже с суффиксом -ец (Мордовец) добавляют сначала -енк- (уменьшительное или патронимическое), а потом -ов- (притяжательное). Получается цепочка: Мордовец → Мордовченко (сын Мордовца) → Мордовченков (сын Мордовченко). Такие тройные суффиксальные конструкции характерны для фамилий, возникших не в центральных уездах, а на окраинах, где смешивались русские, украинские и местные антропонимические традиции.

О сословии носителей фамилии определённо сказать сложно: в XIX веке Мордовченковы встречались в крестьянской среде, но не исключено, что часть из них относилась к однодворцам — потомкам служилых людей, охранявших южные рубежи. Географически фамилия тяготеет к Тамбовской, Рязанской и Пензенской губерниям — как раз к зоне русско-мордовского пограничья, где такие прозвища имели реальную почву.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Мордовин, Мордовцев, Мордовский — показывает, что Мордовченков стоит особняком: она самая «длинная» по суффиксам и, вероятно, самая поздняя по времени возникновения. Если Мордовин мог появиться уже в XV веке, то Мордовченков — скорее всего, фамилия XVII–XVIII веков, когда патронимические формы на -енко стали активно вливаться в русскую фамильную систему.