Фамилия Моргушина — женская форма фамилии Моргушин, и её происхождение напрямую связано с прозвищем Моргун или Моргуша. Разбирать её стоит с суффикса: окончание -ин указывает на принадлежность («чей?» — Моргушин), то есть в основе лежит имя или прозвище отца. Мужская форма Моргушин образована по той же продуктивной модели, что и многие русские фамилии от личных имён и прозвищ.

Корень здесь — «морг-», от глагола «моргать». Прозвище Моргун или Моргуша на Руси давали человеку, который часто моргал, имел привычку прищуриваться или страдал быстрым непроизвольным движением век. В словаре В. И. Даля «моргун» — тот, кто много и часто моргает, а также шалун, повеса (через значение «моргать» как подавать знак, подмигивать). Вторая версия, менее распространённая, связывает прозвище с диалектным «моргуша» — вид травы или растение, но для фамилии это маловероятно: прозвища по физическим особенностям давали куда чаще.

Географически фамилия Моргушин (и Моргушина) встречается в центральных и южных областях России, особенно в Воронежской, Тамбовской, Рязанской областях. Встречается она и в Поволжье, что связано с миграцией крестьян в XIX веке. Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская или мещанская: прозвища по внешним признакам типичны для низших сословий, где фамилии закреплялись позже, чем у дворянства.

Редкость фамилии — в её суффиксальной форме. Если бы прозвище было Моргун, фамилия стала бы Моргунов (по модели «чей сын?»). Форма Моргушин с суффиксом -ин указывает на основу на -а/-я (Моргуша), что характерно для ласкательных или уменьшительных вариантов имени или прозвища. То есть Моргуша — это не просто «моргающий», а, возможно, «моргунок», «маленький моргун» или прозвище, данное в семье. В ономастике такая модель (основа на -ша) часто указывает на более личное, внутрисемейное прозвище, которое потом стало фамилией.

Никаких документальных свидетельств о дворянском роде Моргушиных нет, и фамилия не попала в «Бархатную книгу» или «Общий гербовник». Это рядовая, но не частая фамилия, сохранившая в корне живую черту внешности или поведения предка.