Фамилия Маргушина — женская форма фамилии Маргушин, и её происхождение стоит искать в мужском личном имени или прозвище Маргуша. Это типичная для русского Северо-Запада и Поволжья модель: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Маргуши). Сама основа Маргуша — это, скорее всего, уменьшительно-ласкательная форма от крестильного имени Марк (через народные варианты Маркó, Маркуша) или от редкого имени Маргарит (в просторечии — Маргáр). Вторая версия связывает прозвище с диалектным словом «маргус» или «маргун» — так в псковских и тверских говорах называли нерасторопного, вялого или хмурого человека. В этом случае фамилия отражает не имя, а характер предка.

Обратите внимание на редкий переход: суффикс -уш(а) в русской антропонимии чаще даёт фамилии на -ин (Маркушин, Илюшин), но форма Маргуша с ударением на первом слоге встречается реже, чем Маркуша. Это может говорить о западном или южном влиянии — например, из белорусских или украинских говоров, где «маргуша» означало «крикун» или «ворчун». В переписных книгах XVII века фамилия почти не фиксируется, что указывает на её позднее оформление — скорее всего, не ранее середины XVIII столетия, когда крестьяне и мещане массово получали фамилии по отцу.

Географически фамилия Маргушина (и Маргушин) сегодня встречается в Нижегородской, Кировской областях и в Пермском крае — регионах, куда в XVIII веке активно переселялись старообрядцы с северо-запада. Если ваш предок носил эту фамилию, он мог быть выходцем из раскола или просто крестьянином, чьего деда прозвали Маргушей за медлительность или, наоборот, за крикливый нрав. Однозначной версии нет, но имя Марк выглядит более вероятной основой: в русских святцах он почитается часто, а уменьшительные формы от него дали десятки фамилий — от Маркова до Маркушина.