Фамилия Маргушев образована по типичной для славянского мира модели: к основе прибавили суффикс принадлежности -ев. Такие именования широко представлены в ономастике восточных, западных и южных славян. Славянские фамилии возникали от личного прозвища или от имени — христианского или языческого. В основе фамилии Маргушев могло лежать имя Маргуш — уменьшительная форма от Марк, Маркел или Маргарит. Такое сокращение характерно для народной бытовой речи: полное имя укорачивали до одного-двух слогов, а затем добавляли суффикс -уш, придававший ласкательный оттенок. Так Марк превращался в Маргуша, а сына такого человека называли Маргушев. Есть и другая версия: прозвище Маргуш могло возникнуть от диалектного слова «марга» — так в некоторых говорах называли болотистую, топкую местность. В этом случае прозвище давали человеку, жившему у болота или на сырой низине. Обе версии правдоподобны, но первая — с личным именем — встречается чаще: суффикс -уш в славянских фамилиях почти всегда указывает на производное от крестильного имени. Фамилия Маргушев не принадлежит к числу дворянских или княжеских — её носителями были крестьяне и посадские люди, в основном из северных и центральных губерний России. Встречается она и у осетин, и у ингушей, но там она, скорее всего, образовалась независимо от славянской традиции — от местного имени Маргуш, которое имеет свою, кавказскую, этимологию.