Фамилия Мангушев восходит к мужскому имени Мангуш. Его основа — тюркско-монгольское слово manku или mangu, что значит «вечный». У алтайцев, например, это имя до сих пор встречается в богатырском эпосе и даётся мальчику с пожеланием долгой жизни. Уменьшительно-ласкательный суффикс -уш превращает его в Мангуш, что в буквальном смысле означает «вечный друг».

Есть и другая версия, но она менее правдоподобна. По ней, в основе лежит сочетание тюркских слов man («родинка, родимое пятно») и goš («пара, двойной»). Тогда прозвище Мангуш могли дать человеку с двумя родинками, а уж от него пошла бы фамилия. Однако имя как источник фамилии — случай более типичный и распространённый.

Дворянский род Мангушевых известен с 1606 года. Это одна из немногих конкретных дат, связанных с фамилией, и она указывает на относительно раннее закрепление фамилии в служилой среде. Потомки человека по имени Мангуш, попав в документы Разрядного приказа, со временем и получили фамилию по отцу: Мангушевы.