Фамилия Маргушин образована от имени или прозвища Маргуша. Эта модель — с суффиксом -уш- и окончанием -а — типична для русских уменьшительно-ласкательных форм личных имён: Иван — Ванюша, Марк — Маркуша. Соответственно, Маргуша — это производное от крестильного имени Марк (от лат. marcus — «молоток») или, реже, от Маркел, Мартын. В народной среде такие «домашние» имена часто становились основой фамилий, и суффикс -ин указывал на принадлежность: Маргушин — «сын Маргуши».

Менее распространённая, но возможная версия связывает основу с диалектным словом «маргуш» — так в некоторых говорах называли коршуна или мелкого хищника. В этом случае прозвище могло достаться зоркому, хитрому или агрессивному человеку. Однако первая версия — от имени Марк — выглядит предпочтительнее, поскольку фамилия встречается не только в сельской местности, но и в городах, где прозвища на «птичью» тему были менее устойчивы.

Географически Маргушины рассеяны по центральной России и Поволжью, заметная концентрация — в бывшей Нижегородской губернии и в Рязанской области. Встречается фамилия и у староверов, что может указывать на давнюю привязку к определённым общинам. В XIX веке носители фамилии числились в основном крестьянами и мещанами, но встречались и среди духовенства — например, в клировых ведомостях Владимирской епархии.

Интересная деталь: в дореволюционных документах фамилию иногда писали через «о» — Маргошин, что отражает местное аканье (произношение «Маргуша» как «Маргоша»). Такие варианты не меняют сути, но помогают проследить миграцию рода: если в современных записях встречается Маргошин, это, скорее всего, тот же корень, просто закреплённый на письме в иной орфографической традиции.