Фамилия Маргушевы образована по стандартной восточнославянской модели: к основе прибавили суффикс принадлежности -ев. Такой способ в XV–XVII веках превращал отчество или прозвище отца в наследственное родовое имя. Основа здесь — личное имя или прозвище Маргуш.

Самое вероятное объяснение: Маргуш — это обиходная форма крестильного имени Марк. В русской традиции имя Марк давали в честь апостола и евангелиста. В быту оно сокращалось до Маркуша, Маркуха, а в некоторых говорах — до Маргуш. Чередование «к» и «г» в живой речи встречается: звук оглушался или, наоборот, озвончался под влиянием соседних согласных. Так Маркуша превращался в Маргуша, а его сыновья становились Маргушевыми.

Есть и другая версия, менее распространённая: Маргуш могло быть прозвищем, образованным от диалектного «марга» — так в рязанских и тамбовских говорах называли болотистую местность или сырое, топкое место. Человек, живший у такого болота, мог получить прозвище Маргуш, а его потомки — фамилию Маргушевы. Но эта версия слабее: прозвище от «марги» скорее дали бы Маргов или Маргин, а форма с суффиксом -уш типична именно для уменьшительных имён.

Фамилия Маргушев — не уникальный случай. В ономастике восточных, западных и южных славян есть десятки фамилий, построенных по той же модели: от краткой формы имени с суффиксом -уш и патронимическим -ев. Например, Маркушев, Матюшев, Илюшев. Все они — памятники старой славянской традиции называть человека по имени отца в уменьшительно-ласкательной форме.

Точное время и место возникновения фамилии Маргушевы назвать сложно. Процесс закрепления фамилий шёл неравномерно: у крестьян Центральной России — в основном после отмены крепостного права в 1861 году, у служилых людей и духовенства — раньше. Чтобы установить, где именно впервые записали Маргушевых, нужны серьёзные генеалогические изыскания: метрические книги, ревизские сказки, писцовые книги. Но уже сейчас ясно: фамилия хранит память о предке по имени Марк, которого в семье звали Маргушей.