Фамилия Магушева — женская форма, а её мужской вариант Магушев. Если смотреть на суффикс, это типичная для русских фамилий модель на -ев, указывающая на принадлежность: «чей?» — Магушев. Значит, в основе лежит прозвище или мирское имя родоначальника — Магуш.

Самый прямой и правдоподобный путь к корню — тюркские языки. Слово «магуш» или близкие к нему формы (например, «магыш») в ряде тюркских наречий означают «бедный», «нищий», «убогий» или «слабый». В ономастике такие прозвища не редкость: так могли назвать человека небогатого, невысокого ростом или болезненного. Негативный оттенок в прозвище со временем угас, и фамилия стала просто родовым именем. В пользу тюркской версии говорит и то, что фамилия распространена в тех регионах, где русские соседствовали с тюркскими народами — в Поволжье, на Урале, в Сибири.

Менее вероятная, но тоже возможная связь — с личным именем Магуш, которое могло быть уменьшительной формой от крестильного имени Магнус (редкое у русских) или от Магдалина (через народное Магда → Магуша). Однако для фамилий, образованных от полных календарных имен, чаще используют суффиксы -ин или -ов напрямую, а здесь основа короткая и нехарактерная для православного именослова. Поэтому тюркское прозвище остаётся основной гипотезой.

Словообразовательная модель проста: корень Магуш- + суффикс -ев. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская по происхождению — такие «простые» прозвищные фамилии часто закреплялись за крепостными или однодворцами. Географически фамилия встречается в России нечасто, но заметна в Башкортостане и Татарстане, что дополнительно подтверждает её тюркские корни.