Фамилия Мигушева чаще всего встречается в Поволжье, особенно в Мордовии, Нижегородской и Ульяновской областях. Эта география — ключ к её происхождению. В основе фамилии лежит мордовское (эрзянское или мокшанское) дохристианское имя Мигуш, которое представляет собой краткую форму от имени Мигуня. Само имя Мигуня, в свою очередь, является производным от более древнего имени Микай или Микайла — так в финно-угорской среде адаптировали крестильное имя Михаил. Таким образом, Мигушев — это не «сын Мигуша» в прямом смысле, а потомок человека, которого в быту звали Мигушем вместо Михаила.

Модель образования фамилии проста и типична для русской ономастики: к основе Мигуш добавили патронимический суффикс -ев (вместо ожидаемого -ов, потому что основа оканчивается на шипящий). Такие фамилии на -ев от мордовских имён — обычное явление: вспомните Кечаев, Кирдяев, Сюняев. Интересно, что в документах XVII–XVIII веков, когда за мордовскими крестьянами закреплялись фамилии, форма Мигушев могла записываться и как Мигушев, и как Мигушов — вариативность была обычной, пока письменная традиция не закрепила единый вариант.

Менее вероятна, но возможна связь с русским диалектным словом «мигуша» — так в некоторых говорах называли подслеповатого или постоянно щурящегося человека (от глагола «мигать»). Однако в этом случае фамилия была бы скорее прозвищной, а не патронимической, и её ареал не совпадал бы с мордовским регионом. Поэтому основная гипотеза — мордовское происхождение — остаётся главной.

Сословно предки Мигушевых, скорее всего, были государственными или дворцовыми крестьянами, реже — однодворцами. Дворянских родов с такой фамилией в «Бархатной книге» и других родословных сборниках не зафиксировано. Носители фамилии — это люди, чьи предки приняли православие, но сохранили в родовом имени память о дохристианском имени Мигуш.