Фамилия Мигуша — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, сохранив свою первоначальную форму. В русских фамилиях суффиксы -ов, -ин, -ский встречаются на каждом шагу, а вот фамилии, оканчивающиеся на -а, как Мигуша, — это чаще всего «застывшие» прозвища или неполные формы крестильных имён. Такая модель типична для украинских, белорусских и южнорусских земель, где личное прозвище легко становилось родовым именем без дополнительных суффиксов.

Основа фамилии — глагол «мигать» или существительное «миг». Прозвище Мигуша могли дать человеку с живой мимикой, тому, кто часто моргал, щурился или имел привычку быстро переводить взгляд. В говорах слово «мигуша» иногда означало и лукавого, пронырливого человека — того, кто «мигает», то есть подаёт тайные знаки, хитрит. Вторая, менее очевидная версия: Мигуша — это производная форма от имени Дмитрий (через народные варианты Митя, Митюша, Мигуша). Такое сокращение встречается в псковских и новгородских говорах, где звук «т» перед «ю» мог переходить в мягкое «г»: Митюша → Мигюша → Мигуша.

Географически фамилия тяготеет к западным и южным регионам бывшей Российской империи. По данным современных справочников, Мигуша встречается в Беларуси, на Смоленщине, в Брянской области и на Украине. Это подтверждает версию о прозвищном, а не церковном происхождении: в центральных и северных губерниях фамилию, скорее всего, переделали бы в Мигушин или Мигушев, добавив суффикс принадлежности.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Мигунов, Мигачёв, Мигалкин — показывает, что Мигуша стоит особняком. В фамилиях на -ов и -ёв ударение падает на основу (Ми́гунов), а в Мигуше — на последний слог, что тоже характерно для украинской и белорусской ономастики. Таким образом, предки современного носителя фамилии Мигуша, скорее всего, жили на территории современной Беларуси или западной России, а сама фамилия родилась из меткого уличного прозвища, которое не понадобилось переделывать по общерусскому стандарту.