Фамилия Микуша — редкий случай, когда форма на -ша не является уменьшительно-ласкательной. В русской ономастике суффикс -ша обычно даёт «женские» фамилии (Глаша, Даша) или прозвища, но здесь он работает иначе: Микуша — это усечённая форма от канонического имени Николай, а точнее — от его народного варианта Микула.

Исходная точка — имя Микула. Так на Руси переделали греческое Николаос, соединив его с корнем «мил-» (милый) и славянским «кулак». Микула Селянинович из былин — не просто богатырь, а пахарь, крестьянин. Поэтому фамилия Микуша, скорее всего, пошла из крестьянской или посадской среды, где былинные имена давали детям в честь народных героев. Суффикс -ша в этом случае — не уменьшительный, а разговорный, как в «дедуша» или «батюша», то есть уважительно-фамильярный.

Вторая версия, менее вероятная, — связь с западнославянским корнем «мик-» (мелькать, мигать). В польском и чешском «miknąć» значит «мелькнуть», и прозвище Микуша могли дать человеку быстрому, верткому. Но для русской фамилии эта гипотеза слаба: суффикс -уша в восточнославянских прозвищах почти всегда привязан к личным именам (Ивануша, Петруша), а не к глаголам.

Географически фамилия Микуша встречается не повсеместно, а сгустками — в Псковской области, на юге Беларуси и в Смоленщине. Это бывшие земли Новгородской республики и Великого княжества Литовского, где культ Николы Чудотворца был особенно силён, а форма Микула — обычной. Там и закрепилось прозвище, а потом и фамилия, без суффикса -ов или -ин, что для русского Севера и запада нормально: Микуша — это «сын Микулы», просто через нулевой падеж.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Микулин, Микулов, Микульский — показывает, что Микуша стоит особняком. Она древнее: такие бессуффиксные фамилии часто фиксировались уже в XV–XVI веках, когда прозвище ещё не успело обрасти патронимическим суффиксом. Носитель фамилии Микуша мог быть потомком того самого былинного пахаря — или просто человека, которого в деревне звали уважительно, по-свойски: Микуша.