Фамилия Мигушин образована от прозвища Мигуша, а основа у неё — глагол «мигать» или существительное «миг». Человек, которого в старину называли Мигушей, скорее всего, обладал быстрым, беспокойным взглядом, часто моргал или, напротив, славился мгновенной реакцией. В русских говорах «мигуша» — не только тот, кто мигает, но и шалун, проказник, человек с живым нравом. Вторая версия, менее распространённая, связывает прозвище с диалектным «мигать» в значении «плутовать», «хитрить». Тогда Мигуша — ловкач, умеющий обвести вокруг пальца.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мигушин — буквально «сын Мигуши», «из рода Мигуши». Это типичная модель русских фамилий от прозвищ или имён на -а/-я (как Кузьмин, Ильин). Морфологически фамилия проста и прозрачна, без редких или архаичных элементов.

Географически фамилия Мигушин встречается в центральных и северных регионах России, особенно в Вологодской, Костромской и Архангельской областях. Там, где говор сохранил слово «мигуша» в значении «быстрый, вертлявый человек», фамилия и закрепилась. В документах XVII–XVIII веков можно найти крестьян и посадских людей с этим прозвищем, но массового распространения за пределами Русского Севера фамилия не получила.

В ономастике Мигушина нередко путают с Мигуновым — от «мигун» (тот же корень, но с другим суффиксом). Разница в том, что «мигун» подчёркивало постоянное свойство (человек, который всё время мигает), а «мигуша» — скорее ласкательную или уменьшительную форму, как «малыш» или «шалунишка». Поэтому Мигушин — фамилия более «домашняя», возможно, возникшая в среде, где прозвища давали с оттенком добродушия.

Сословная принадлежность у Мигушиных неоднородна: встречаются и крестьяне, и мещане, и купцы. Но аристократического дворянского корня у фамилии нет — она из народной гущи, из тех, кого в старину называли «мигушами» за живость и озорной взгляд.