Фамилия Морзоханова — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Если отбросить очевидные, но маловероятные версии, остаётся одна, которая объясняет и необычное звучание, и характерный суффикс.

Скорее всего, в основе фамилии лежит не славянское, а тюркское или арабо-тюркское имя или прозвище. Первая часть, «Морзо», может быть искажением от «Мурза» (князь, знатный человек в тюркской среде) или от арабского имени «Муртаза» («избранный»). Вторая часть, «хан», — это титул, который в составе личных имён у народов Кавказа, Поволжья и Средней Азии встречается сплошь и рядом (вспомните хотя бы фамилии вроде Абуханов, Гаджиханов). Соединение «Мурза» и «хан» даёт составное имя Мурзахан (Мурза-хан), которое у русских писцов вполне могло превратиться в «Морзохан» — под влиянием «акающего» произношения (Морзо- вместо Мурза-).

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который присоединили к основе Морзохан. Это значит, что предок носителя фамилии — некий человек по имени или прозвищу Морзохан. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей сын?» — «Морзоханов». В женском роде — Морзоханова. Такая модель типична для фамилий, которые возникли в среде, где русское население контактировало с тюркским: в казачьих областях, на юге России, в Поволжье. Носителями фамилии, скорее всего, были не татары-мурзы, а русские или крещёные инородцы, получившие фамилию по имени отца-Морзохана.

Распространение фамилии крайне узкое. По открытым данным, Морзохановы встречаются в основном в Волгоградской области и на Северном Кавказе, что косвенно подтверждает версию о тюркском корне и контактной зоне. Никаких сведений о дворянском происхождении или принадлежности к известным родам нет — фамилия сугубо крестьянская или казачья, образованная от личного имени, которое в документах XVII–XVIII веков могло звучать как «Мурзоханко» или «Морзохан».

Другие версии (например, от слова «морз» — разновидность рыбы, или от фамилии Морозов с искажением) не выдерживают критики: суффикс -хан в славянских языках не встречается, а замена «з» на «зох» искусственна. Так что единственное правдоподобное объяснение — это имя-титул, которое через отчество закрепилось как фамилия.