Фамилия Мотченко отвечает на вопрос «чей ты будешь?» и буквально означает «сын Мотьки». В её основе лежит старинное уменьшительное имя Мотька — просторечная форма канонического имени Матвей. С древнееврейского Матвей переводится как «дарованный богом» или «дар Яхве», а самым известным покровителем этого имени считают апостола и евангелиста Матфея Левия. На Руси его почитали и как Новоторжского чудотворца, и как одного из первых подвижников среди иноков, так что имя было распространённым и уважаемым.

Суффикс -енко — типичная украинская модель отчества, которая закрепилась в фамилиях в XVI–XVII веках. Если на севере России говорили «Мотков» или «Моткин», то в южнорусских и украинских землях того же человека записывали как Мотченко. Такая форма указывает на прямую связь с отцом: Мотченко — это действительно «сын Мотьки», причём не в переносном, а в самом буквальном родственном смысле.

Скорее всего, основатель рода Мотченко был человеком из простого сословия — крестьянином, казаком или ремесленником. Фамилии на -енко в массе своей возникали в среде свободного населения, а не знати, и закреплялись за целым родом после того, как сын, внук или правнук Мотьки получал прозвание по деду. Так личное имя одного человека превращалось в наследственное имя всей семьи.

Интересно, что уменьшительная форма Мотька сохранила в себе народное звучание, которое не совпадает с книжным церковным «Матфей». Это говорит о том, что фамилия сложилась в живой разговорной среде, а не в канцелярии. Носители фамилии Мотченко сегодня встречаются в основном на востоке Украины и в южных областях России, что подтверждает её региональное происхождение.