Фамилия Мотигуллин — редкий случай, когда тюркская основа попала в русскую фамильную модель через очень специфический суффикс. В ней сразу два маркера, которые выдают её происхождение: корень восходит к арабскому имени через татарский язык, а окончание «-ин» указывает на то, что фамилия оформлялась уже в русской среде, скорее всего, в среде крещёных татар или в регионах с плотным русско-татарским пограничьем.

Основа «Мотигулл» — это искажённое на русский лад татарское имя Мөтигулла (Mötigulla), которое восходит к арабскому «Мутигуллах» — «послушный Богу», «покорный Аллаху». В татарском языке звук «ү» (как немецкое ü) русские часто передавали как «ю» или «и», отсюда вариант «Мотигулла» вместо «Мөтигулла». Фамилия образована по классической русской модели: к имени отца (Мотигулла) добавили притяжательный суффикс «-ин», означающий «чей?» — «сын Мотигуллы». То есть Мотигуллин — это буквально «Мотигуллов сын».

Географически фамилия тяготеет к Татарстану, Башкортостану и Оренбуржью. Встречается она нечасто, и это не случайно: имя Мутигулла было распространённым, но не самым массовым, а переход в фамилию произошёл относительно поздно, в XIX веке, когда у татар начали массово фиксировать фамилии по отцу. Интересная деталь: если бы фамилия оформлялась по татарской традиции, она звучала бы как «Мотигулла улы» (сын Мотигуллы). Русский суффикс «-ин» здесь — прямое доказательство того, что носитель или его предки жили в зоне активного культурного обмена, скорее всего, были государственными крестьянами или служилыми татарами, а не родовой знатью.

Сравните с однокоренными фамилиями: Мутигуллин (более близкое к арабскому произношению) и Мутыгуллин (встречается у башкир). Мотигуллин — это именно русская адаптация, где гласная «о» возникла из-за редукции или просто из-за того, что писарь записал имя на слух. Никакой другой версии, кроме как от имени с религиозным значением, у этой фамилии нет — прозвищного или профессионального корня здесь не прослеживается.