Фамилия Мойдинова — женская форма от мужской фамилии Мойдинов. Её основа — личное имя Мойдин, которое в свою очередь восходит к арабскому имени Муаййид (араб. مؤيد — «поддерживаемый», «укреплённый», «тот, кому оказывают поддержку»). В тюркских и кавказских языках, особенно в дагестанских, имя нередко адаптировалось как Мойдин или Майдин, с заменой звука «а» на «о» под влиянием местного произношения.

Суффикс -ов указывает на модель образования, типичную для русских фамилий, но сама фамилия явно не русского, а восточного происхождения. Скорее всего, она сложилась в среде народов Северного Кавказа, где в XIX–XX веках при оформлении документов на русском языке к местным именам добавляли русские патронимические суффиксы. Таким образом, Мойдинов буквально означало «сын Мойдина», а Мойдинова — «дочь или жена Мойдина».

Встречается фамилия преимущественно в Дагестане, Чечне и среди других народов Кавказа, а также в среде тюркоязычных групп Средней Азии, где сохранились формы имени Муаййид. Встречаются варианты написания с одной «и» — Модинов, но это уже другой корень, связанный с именем Моди (от арабского Махди). Для фамилии Мойдинова характерна чёткая фиксация на «ой» в первом слоге, что помогает отличить её от похожих по звучанию.

Социально фамилия не привязана к какому-то одному сословию: носителями могли быть и крестьяне, и духовные лица, и военные. Имя Муаййид нередко давали в семьях, желавших подчеркнуть божественную поддержку или покровительство, так что предки могли быть людьми верующими, но не обязательно из высшего духовенства.