Фамилия Мозёркин — редкий случай, когда ударение в корне меняет всё. Произносится она с чётким «ё» под ударением, и это ключ к её разгадке. Если бы писали «Мозеркин» — можно было бы гадать, от какого слова основа: от «мозер» (немецкая фамилия), от «мозг» или от диалектного «мозерать» (глядеть, таращиться). Но форма с «ё» указывает на один конкретный источник: прозвище от слова «мозёр», которое в русских говорах значило «плакса, нытик», а иногда — «капризный, надоедливый человек». Слово это родственно глаголу «мозжить» (ныть, болеть) и «мозгнуть» (сыреть, гнить, а в переносном смысле — хныкать).

Модель образования проста: прозвище Мозёр (или Мозёра) плюс суффикс -кин, который в русской антропонимии типичен для кратких притяжательных форм. В отличие от патронимического суффикса -ин, который присоединяется к основам на -а/-я (Мозёра → Мозёрин), здесь исходная форма — Мозёр (мужское прозвище на твёрдый согласный), и суффикс -кин выполняет ту же роль, что -ов/-ев в других фамилиях. То есть Мозёркин — буквально «сын Мозёра», «Мозёров сын».

Географически фамилия тяготеет к северо-западным и центральным областям России — там, где бытовало слово «мозёр» в значении «плакса». Встречается она крайне редко: по открытым данным, носителей Мозёркиных не более нескольких десятков, и основная часть живёт в Тверской и Псковской областях. Это не случайно: именно в этих краях диалектное «мозёр» фиксируется этнографическими словарями XIX века.

Сословный состав предков определить трудно — фамилия недворянская, без геральдики, но и не крестьянская в чистом виде: суффикс -кин чаще встречался в среде ремесленников и мелких служилых людей. Впрочем, в данном случае важнее то, что прозвище Мозёр не было обидным в современном смысле: в деревне так могли назвать ребёнка, который часто плакал, или взрослого с меланхоличным нравом. Позже прозвище закрепилось как фамилия, и первоначальный оттенок стёрся.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Мозгунов, Мозжерин, Мозгалев — то Мозёркин стоит особняком: у них основа связана с «мозгом» или «мозжить» в прямом смысле, а здесь — исключительно с эмоциональной характеристикой. Это редкий пример, когда фамилия прямо говорит о характере предка, а не о его ремесле или имени.