Фамилия Можжухина — женская форма фамилии Можжухин, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем Можжуха. Это прозвище, скорее всего, образовано от слова «можжуха» — так в некоторых русских говорах называли можжевельник. В диалектах слово «можжуха» могло означать не только растение, но и заросли, густой кустарник. Прозвище Можжуха могли дать человеку, жившему у можжевелового леса или занимавшемуся сбором ягод и веток этого кустарника.

Суффикс -ин в фамилии Можжухин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Можжухи. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются у потомков по отцу, фамилии на -ин легко могли закрепиться за людьми из разных сословий, от крестьян до мещан.

Менее вероятная, но допустимая версия связывает основу с глаголом «можжить» — в старых говорах это означало «мочить», «гноить» или «бить». В таком случае прозвище Можжуха могло относиться к человеку с неспокойным, «ломким» характером или к тому, кто занимался обработкой льна или кожи (мочка, вымачивание). Однако растениеводческая версия выглядит более естественной, так как «можжуха» как название можжевельника зафиксирована в разных регионах, включая южные и центральные области России.

Фамилия не относится к числу распространённых. Встречается в основном в центральной России и Поволжье, что совпадает с ареалом произрастания можжевельника. Сословно предки Можжухиных, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, так как фамилии на -ин от прозвищ, а не от крестильных имён, чаще возникали в низших слоях населения.

Интересно, что у фамилии есть вариант написания с одной «ж» — Можухин. В документах XVIII–XIX веков из-за неграмотности писарей и особенностей местного произношения фамилию могли записывать по-разному. Поэтому, если искать предков, стоит учитывать оба варианта: Можжухин и Можухин.