Фамилия Можухин — редкий случай, когда написание подсказывает произношение, а не наоборот. В ней отчётливо слышен корень «мож-», который в русских говорах имел несколько значений, и все они связаны с крестьянским бытом. Суффикс «-ухин» — нестандартный для фамилий на «-ин»: обычно мы встречаем «-ихин» (от имён вроде Степан — Степанихин) или просто «-ин» (Можин). Форма «-ухин» указывает на прозвище, образованное через суффикс «-уха», который придавал слову грубоватый, просторечный или шутливый оттенок (сравните: веселуха, горюха, серуха — «серый»). То есть Можуха — это не имя, а прозвище человека.

Самая прямая версия отталкивается от глагола «мочь» в его диалектном значении «мочь, быть в силах, справляться». В северных и сибирских говорах «можуха» могли называть сильного, выносливого работника, который мог «возмочь» любую работу. Но есть и другая, бытовая линия: в рязанских и тамбовских говорах «можуха» — это растение можжевельник (местное «можжуха», «можуха»). Прозвище могли дать человеку, жившему у можжевеловых зарослей, или тому, кто занимался заготовкой можжевельника (для копчения, для поделок). Третья, менее вероятная версия связывает фамилию с украинским «можух» — так в некоторых регионах называли крепкий, густой отвар или кисель, но для русской фамилии это периферийное значение.

Географически фамилия Можухин тяготеет к центральным и южнорусским областям. В дореволюционных переписях она встречается в Тульской, Рязанской и Тамбовской губерниях — то есть именно там, где бытовало слово «можуха» в значении «можжевельник» и где был развит промысел по его сбору. Сословно — это почти всегда крестьяне или однодворцы. Никаких дворянских родов Можухиных не зафиксировано, что подтверждает: фамилия вышла из народного прозвища, а не из имени родоначальника.

Интересная деталь: в некоторых старых документах фамилию писали через «жж» — Можжухин. Это не ошибка, а отражение живого произношения: в говорах «можжевельник» звучал как «можжуха», и прозвище Можжуха при записи упростили до Можуха. Поэтому, если встретите в метрических книгах XIX века вариант Можжухин, это та же фамилия, просто не устоявшееся написание.