Фамилия Можухова — женская форма фамилии Можухов, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именем, от которого она образована. В основе лежит слово «можуха» или «можух». В русских говорах «можуха» — это мох, болотистое место, поросшее мхом. Человек мог получить прозвище Можух по месту жительства: у болота, на сырой низине. Такие «топографические» прозвища были распространены в северных и центральных губерниях России, где много лесов и болот.

Модель образования фамилии проста: суффикс -ов- со значением принадлежности («чей?» — Можухов, то есть сын Можуха). Суффикс -ин в этом случае маловероятен, так как основа оканчивается на твёрдый согласный. Фамилия типична для восточнославянской ономастики и указывает на то, что предок носителя — крестьянин или посадский человек, получивший фамилию по прозвищу.

Есть и другая, менее распространённая версия: связь с глаголом «можить» (мочь, быть сильным). В этом случае Можух — человек сильный, могучий. Однако словарь русских народных говоров фиксирует «можуху» именно как мох, что делает топографическую версию более надёжной. Фамилия редкая, недворянская, и её носители, скорее всего, были выходцами из крестьянской среды Новгородской, Псковской или Вологодской губерний.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Можу́хова. Встречаются варианты с ударением на первый слог, но они связаны с местными диалектными особенностями. В целом фамилия сохранила память о ландшафте, в котором жили предки, — глухие леса и болота, где «можуха» была привычной приметой земли.