Фамилия Можухов — яркий пример того, как прозвище, данное человеку за внешность или манеру поведения, закрепилось в родовом имени. В её основе лежит древнерусское слово «можух» или «можуха». В говорах так называли человека невысокого роста, щуплого, тщедушного, иногда — просто невзрачного или болезненного. Слово это родственно диалектному «можжить» — делать что-то медленно, кропотливо, с трудом, а также «можжа» — мозоль, нарост, что намекает на возможную связь с физическим недостатком или особенностью сложения.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилий от прозвищ или имён, оканчивающихся на твёрдый согласный. Можухов буквально означает «сын Можуха» или «принадлежащий Можуху». Такая модель была распространена в XVI–XVII веках среди крестьян, посадских людей и служилого сословия, когда фамилии ещё не были всеобщими, а передавались по отцу.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южнорусским областям. В старых писцовых книгах и ревизских сказках Можуховы встречаются в Рязанской, Тамбовской и Воронежской губерниях. В этих краях слово «можух» было в ходу, а значит, прозвище могло возникнуть независимо в разных сёлах. Интересно, что в некоторых говорах «можухом» называли не только человека, но и мелкую лесную птицу — вероятно, из-за её неприметного вида. Однако основная версия остаётся антропонимической: прозвище по внешности, а не по профессии или месту жительства.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Можаев, Можейко, Можукин — показывает, что корень «мож-» в русской ономастике нередко связан с уменьшительными или уничижительными формами. В отличие от них, Можухов сохранил более грубую, прозвищную основу без уменьшительного суффикса. Это говорит о том, что предок носителя фамилии, скорее всего, был известен в своей общине именно под этим метким и нелестным, но запоминающимся прозвищем.

В дворянских родословных книгах Можуховы не значатся — фамилия оставалась в основном крестьянской и мещанской. Её носители не стремились сменить написание или облагородить звучание, что делает её честным свидетельством социального происхождения: предки были простыми людьми, чьё прозвище закрепилось за потомками.