Фамилия Мплыгина — редкий случай, когда написание кажется опечаткой, но на деле это результат исторической фонетики и диалектных особенностей. В основе фамилии лежит прозвище или мирское имя Мплыга, которое образовано от глагола «мплыгать» — диалектного варианта слова «плыгать» или «плыкать». В говорах русского Севера и Сибири так называли человека, который ходит вразвалку, переваливается с ноги на ногу, или же того, кто припадает на одну ногу, прихрамывает. Корень здесь тот же, что и в слове «плыть» — в значении «плавно, медленно двигаться», но с характерным для местных говоров носовым призвуком, который на письме передали буквой «м».

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Мплыгин — «сын Мплыги», а Мплыгина — женская форма от той же основы. Фамилия на -ин типична для центральных и северных областей России, где такие патронимы вытеснили более архаичные формы на -ов/-ев. Интересно, что в документах XVII–XVIII веков встречается написание «Плыгин» и «Плыгина», а вариант с начальным «м» — либо результат ассимиляции (когда «м» возникло под влиянием соседних губных согласных), либо запись местного произношения, где «п» перед «л» звучало с носовым оттенком.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Плыгин, Плыгунов, Плыгач — показывает, что Мплыгина стоит особняком. У неё нет широкой географии: в современных базах данных носители сосредоточены в основном в Вологодской и Архангельской областях, что подтверждает северное происхождение. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные случаи с начальным «м» перед «п» не рассматриваются, но в работе В. Никонова «География фамилий» упоминается, что такие варианты могли возникать спонтанно в устной речи и закрепляться при переписи населения, если писарь записывал прозвище на слух.

Сословной привязки у фамилии нет: предки могли быть и крестьянами, и посадскими людьми, получившими прозвище за походку или манеру двигаться. Версия о связи с ремеслом маловероятна — ни в одном диалектном словаре не зафиксировано слово «мплыга» в значении инструмента или профессии. Таким образом, Мплыгина — это фамилия-прозвище, которая сохранила в себе живую черту северного говора и редкую фонетическую запись, не исправленную позднейшими переписчиками.