Фамилия Мркарян — яркий пример армянской модели фамилии, которая образована при помощи суффикса -ян, указывающего на принадлежность к роду или происхождение. В армянской ономастике суффикс -ян (а в диалектах -янц, -енц) заменяет более древний патронимический суффикс -и и означает «из рода такого-то» или «сын такого-то». Таким образом, Мркарян — это «потомок Мркара».

Основа фамилии — личное имя или прозвище Мркар, которое в свою очередь восходит к армянскому слову «мркуйт» (մրգույթ) — «плод» или «фрукт». В переносном смысле такое прозвище могли дать человеку с мягким, плодотворным характером, либо тому, кто занимался садоводством или торговлей фруктами. Однако есть и другая, более прозаичная версия: в некоторых говорах «мркар» означало «ворчун» или «брюзга» — от глагола «мркал» (մռկալ) — «ворчать, бурчать». В этом случае фамилия могла закрепиться за человеком с неуживчивым нравом.

Географически фамилия Мркарян достаточно редкая и не входит в число самых распространенных армянских фамилий. Основные очаги ее бытования — исторические области Западной Армении (в частности, район Вана и окрестности озера Ван), откуда после геноцида 1915 года носители фамилии расселились по диаспоре. В современной Армении фамилия встречается в основном в Ереване и Араратской долине, но число носителей невелико.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия Мркарян стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Мкртчян (от имени Мкртич), Геворкян (от Геворк) или Петросян (от Петрос). Отличие лишь в том, что основа Мркар — не каноническое христианское имя, а скорее мирское прозвище или редкое личное имя, что делает фамилию более уникальной. В русскоязычной среде фамилию часто записывают как Маркарян (под влиянием привычного звучания), но исходная форма именно с первым «р» — Мркарян, что сохраняет древнюю армянскую фонетику.