Фамилия Маркарян — одна из тех, что не требуют долгих размышлений о происхождении. Она образована по стандартной для армянских фамилий модели: к основе — мужскому имени Маркар — добавляется патронимический суффикс -ян (в старой орфографии -янц). Этот суффикс означает «принадлежащий к роду» или «потомок», так что Маркарян — буквально «из рода Маркара».

В основе имени Маркар лежит сложное слово. Первая часть восходит к древнеармянскому «мард» (մարդ) — «человек», вторая — «кар» (քար) — «камень». Буквально имя можно перевести как «человек-скала» или «каменный человек», то есть «твердый, несгибаемый». Однако это не единственная версия. По другой, более поэтичной, имя Маркар означает «благородный путь», а иные исследователи связывают его с «путем ариев» — что выводит этимологию в плоскость древних индоиранских корней. Вторая версия менее правдоподобна с точки зрения строгой лингвистики, но показывает, как имя могло переосмысляться в народной этимологии.

Фамилия распространена в основном среди армян. В России и странах бывшего СССР её носители — потомки переселенцев из Западной Армении или Нагорного Карабаха. Сословных ограничений у фамилии не было: Маркарянами могли быть и крестьяне, и ремесленники, и духовенство.

Среди знаменитых обладателей фамилии — астроном Бениамин Егишевич Маркарян (1913–1985). В 1947 году совместно с Виктором Амбарцумяном он открыл молодые неустойчивые звездные системы — звёздные ассоциации. Позже Маркарян обнаружил внегалактические объекты с аномально сильным ультрафиолетовым излучением — их до сих пор называют галактиками Маркаряна. Это одна из немногих фамилий, которая вошла в астрономическую номенклатуру как термин.