В основе фамилии Маркарян лежит армянское мужское имя Маркар, которое имеет значение «благородный путь» (по другой версии – «путь ариев»). Среди знаменитых обладателей фамилии – астроном Бениамин Егишевич Маркарян (1913-1985), совместно с В. Амбарцумяном открывший в 1947 г. молодые неустойчивые звездные системы – ассоциации и внегалактические объекты с повышенным ультрафиолетовым излучением (галактики Маркаряна).