Фамилия Марарян происходит из армянского языка и образована по одной из самых распространенных в Армении патронимических моделей — с суффиксом -ян, который восходит к древнему -янц (буквально «из рода»). Основа фамилии — личное имя Марар, которое в армянской традиции является формой библейского имени Марк (Маркос) с характерным для восточноармянских диалектов переходом «к» в «р». Таким образом, Марарян — это «потомок Марара», то есть потомок человека по имени Марк.

В армянской ономастике фамилии на -ян стали массово фиксироваться в XIX веке, когда Российская империя ввела обязательные метрические записи для подданных Закавказья. До этого фамилии часто не были закреплены, и сын мог носить отчество, которое у следующего поколения превращалось в фамилию. Марарян — типичный пример такой поздней кристаллизации: предок носителя фамилии, скорее всего, был крестьянином или ремесленником, а его имя Марар стало родовым прозванием.

Географически фамилия Марарян чаще всего встречается среди армян из исторической Западной Армении (ныне восток Турции) и среди армян, переселившихся в XIX веке на Кубань, в Ставрополье и в Нагорный Карабах. После геноцида армян 1915 года носители фамилии рассеялись по всему миру, но основной массив остался в Армении и в диаспорах России, США и Ливана.

В армянском языке есть слово «марар» (горький), но связь фамилии с этим корнем маловероятна: армянские патронимические фамилии редко образуются от нарицательных прилагательных, а почти всегда — от личных имен или прозвищ. Версия о происхождении от «марар» как прозвища горького или неудачливого человека — искусственная, ономастика её не поддерживает.

Интересная деталь: в русских документах XIX — начала XX века фамилию часто записывали как Мараров или Марарянц — калькируя русским суффиксом -ов или сохраняя архаичный армянский суффикс -янц. В советское время форма Марарян закрепилась как основная. Сегодня это не самая редкая, но и не массовая армянская фамилия: в Армении её носят несколько сотен человек, а в России — около полутора тысяч.