Фамилия Маргарян — одна из самых распространённых армянских фамилий, и её происхождение напрямую связано с мужским именем Маргар. В армянской традиции фамилии образовывались с помощью суффикса -ян (и его вариантов), который указывал на принадлежность к роду: Маргарян буквально означает «из рода Маргара» или «потомок Маргара».

Самый интересный и древний пласт, связанный с именем Маргар, уходит корнями в дохристианский армянский календарь. Четвёртый день каждого месяца в этом календаре назывался «маргар» — в честь одного из богов армянского пантеона. Если ребёнок рождался в этот день, родители могли назвать его Маргаром, чтобы божество-покровитель оберегало сына. Эта версия объясняет и сакральный оттенок имени, и его древность: фамилия Маргарян может восходить к эпохе, когда армяне ещё не приняли христианство.

Существует и другая, менее поэтичная, но не менее убедительная гипотеза. По ней имя Маргар имеет курдские корни и состоит из двух частей: «mar» (змея) и «gar» (ищущий, ловящий). В таком случае Маргар — это «змеелов». В переносном смысле так могли назвать бесстрашного человека, того, кто не боится опасности. Эта версия объясняет имя через профессиональное или прозвищное начало, что для армянской ономастики тоже характерно.

Третья гипотеза, самая слабая, связывает имя Маргар с армянским словом «маргарит» (жемчуг), заимствованным из греческого. Сторонники этой версии указывают на христианский символизм жемчуга как чистоты и духовной доблести. Однако прямое отождествление имени с «жемчугом» лингвистически менее надёжно: звуковой переход от «маргарит» к «маргар» возможен, но неочевиден, и эта версия проигрывает двум первым по глубине и исторической конкретике.

Сама фамилия Маргарян образована по классической армянской модели: основа (имя Маргар) плюс патронимический суффикс -ян. Первоначально такие фамилии закреплялись за знатью (Мамиконяны, Рштуни), но позже распространились на все сословия. Сегодня Маргарян — фамилия, которая встречается по всей Армении и в диаспоре, и её носители могут происходить из самых разных регионов, но всех их объединяет одно: предок по мужской линии носил имя Маргар, будь то в честь древнего бога, бесстрашного змеелова или, реже, жемчужины.