Фамилия Маргарьян — яркий представитель армянских фамилий, образованных от личных имён. В её основе лежит имя Маргар (арм. Մարգար), которое в переводе с древнеармянского означает «пророк» или «провидец». Само имя восходит к библейскому контексту: так называли ветхозаветных пророков. Соответственно, предок носителя фамилии, скорее всего, получил имя Маргар при крещении или как мирское прозвище, а его потомки стали Маргарьянами.

Типичный армянский патронимический суффикс -ян (в старой орфографии -յան) означает «из рода такого-то» или «принадлежащий». То есть Маргарьян — это «из рода Маргара», «сын Маргара». В русском языке фамилию часто записывают с удвоенной «р» — Маргарьян, хотя в оригинале в армянском написании одна «р» (Մարգարյան). Удвоение возникло из-за особенностей русской транслитерации: чтобы сохранить мягкое произношение согласного перед «я», букву «р» удваивают. Это же явление мы видим в фамилиях Григорьян, Степаньян.

Географически фамилия распространена по всей Армении и в армянских диаспорах — в России, США, Франции, Ливане. Встречаются и варианты написания: Маргарян (без второго «р») — более близкий к армянской фонетике, и Маргаров (русифицированная форма с суффиксом -ов). Последняя характерна для тех армян, чьи предки переселились в Российскую империю и чью фамилию адаптировали по русской модели.

С точки зрения социального статуса, фамилия не указывает на конкретное сословие или ремесло. Она могла принадлежать и крестьянину, и священнику, и ремесленнику — имя Маргар было одинаково употребительно в разных слоях армянского общества. Единственное, что можно предположить: в силу библейского значения имени, предок мог быть человеком набожным или даже служителем церкви, но это лишь догадка, не подтверждённая статистикой.