Фамилия Магарян почти всегда указывает на армянское происхождение. Её основа — «Магар» — это не имя и не ремесло, а скорее прозвище или вариант личного имени. В армянском языке слово «магар» имеет несколько значений, одно из которых — «волшебник», «колдун» или «чародей». Второе, более прозаичное, — «победитель». Какая из версий верна для конкретного предка, сказать трудно: прозвище могли дать как за необычные способности или знахарство, так и за воинский успех.

Типичный армянский суффикс -ян (в старой орфографии -янц) означает «из рода» или «принадлежащий». То есть Магарян — буквально «из рода Магара». В этом смысле фамилия устроена так же, как Аванесян, Петросян или Саркисян: корень + патронимический суффикс. В западных диалектах армянского языка суффикс мог звучать как -ен, поэтому в диаспоре встречаются варианты Магарен или Магарянц.

Географически фамилия распространена в Армении, особенно в областях Сюник и Арагацотн, а также среди армянской диаспоры на Ближнем Востоке, в России и США. В исторических переписях XIX века носители фамилии встречаются в Эриванской губернии и Нагорном Карабахе, что подтверждает её исконную привязку к восточноармянской среде.

Однокоренные фамилии — Магаров, Магарянц, Магарян. В русской среде фамилия могла русифицироваться до Магаров, но это редкий случай: армянская основа и суффикс обычно сохраняются в исходном виде. Сословно предки Магарян чаще всего были крестьянами или ремесленниками, хотя прозвище «чародей» могло указывать на сельского знахаря — человека, к которому ходили за лечением или советом.